เดิมปราจีนบุรีเป็นจังหวัดใหญ่ มีพื้นที่กว้างขวางเป็นอันดับ 6 ของประเทศ แต่ภายหลังได้มีการแยกจังหวัดออกจากมณฑลปราจิณ ตั้งเป็นจังหวัดนครนายกและฉะเชิงเทรา และในปี พ.ศ. 2536 ก็ได้มีพระราชบัญญัติแยกพื้นที่บางอำเภอออกจากจังหวัดปราจีนบุรีอีกครั้ง แล้วตั้งเป็นจังหวัดสระแก้ว จังหวัดปราจีนบุรีจึงมีขนาดเท่ากับในปัจจุบันนับแต่นั้นมา
จังหวัดปราจีนบุรีมีเนื้อที่ประมาณ 4,762 ตารางกิโลเมตร หรือประมาณ 3,054,449 ไร่ จัดเป็นจังหวัดที่มีขนาดใหญ่เป็นอันดับที่ 45 ของประเทศไทย สภาพพื้นที่แบ่งเป็น 2 ลักษณะ คือ เขตที่ราบสูงทางตอนบนของจังหวัด ติดเทือกเขาดงพญาเย็น บริเวณรอยต่อของจังหวัดนครนายกและจังหวัดนครราชสีมา มีลักษณะเป็นที่ราบสูงคล้ายภาคตะวันออกเฉียงเหนือ มียอดเขาสูง 1,326 เมตร พื้นที่ส่วนมากเป็นป่าทึบและเป็นแหล่งกำเนิดต้นน้ำหลายสาย และเขตที่ราบลุ่มแม่น้ำทางตอนล่าง มีแม่น้ำสายสำคัญ คือ แม่น้ำบางปะกง ซึ่งเกิดจากแควหนุมานและแควพระปรง ไหลมาบรรจบกันที่อำเภอกบินทร์บุรี ผ่านอำเภอศรีมหาโพธิ อำเภอประจันตคาม อำเภอเมืองปราจีนบุรี อำเภอบ้านสร้าง แล้วไหลเข้าสู่จังหวัดฉะเชิงเทรา บริเวณแถบนี้เหมาะแก่การเพาะปลูก โดยเฉพาะการทำสวนผลไม้
บริเวณที่ตั้งของจังหวัดปราจีนบุรีในปัจจุบัน พบว่ามีการตั้งถิ่นฐานของชุมชนสมัยโบราณตั้งแต่เมื่อประมาณ 2,000–2,500 ปี มาแล้ว ซึ่งตรงกับสมัยก่อนประวัติศาสตร์ตอนปลาย และมีอารยธรรมเจริญรุ่งเรืองตั้งแต่สมัยทวารวดีต่อเนื่องมาจนถึงสมัยลพบุรี ดังปรากฏหลักฐานเป็นซากเมืองโบราณที่เรียกว่า “เมืองศรีมโหสถ” ที่ตำบลโคกปีบ อำเภอศรีมโหสถ และทางด้านทิศตะวันออกของเมืองศรีมโหสถ บริเวณบ้านโคกขวาง อำเภอศรีมหาโพธิ ยังพบชุมชนโบราณอายุร่วมสมัยเดียวกันกับเมืองศรีมโหสถ บริเวณซากเมืองโบราณเหล่านี้มีซากโบราณสถานที่ใช้ประกอบพิธีกรรมทางศาสนาและ พบโบราณวัตถุต่างๆ ได้แก่ พระพุทธรูป เทวรูป เครื่องปั้นดินเผา เครื่องมือเครื่องใช้ประเภทสำริด กระจัดกระจายอยู่ทั่วไป
ต่อมาศูนย์ กลางความเจริญได้ย้ายมาอยู่ริมฝั่งแม่น้ำบางปะกงเช่นในปัจจุบัน มีชุมชนหนาแน่นจนเกิดเป็นเมืองขึ้นในสมัยกรุงศรีอยุธยา เรียกว่า “เมืองปราจีน” และในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ตอนต้นเรียกว่า “เมืองปราจิณ” หรือ “มณฑลปราจิณ” ต่อมาในสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 โปรดให้จัดระเบียบการปกครองแผ่นดินตามแบบต่างประเทศ มณฑลปราจิณถูกยุบเลิก คงมีฐานะเป็นเพียงหัวเมืองเมืองหนึ่ง ต่อมาโปรดให้เปลี่ยนคำว่า “เมือง” เป็น “จังหวัด” จึงมีชื่อเรียกใหม่ว่า “จังหวัดปราจีนบุรี”
ปัจจุบัน ปราจีนบุรีแบ่งการปกครองออกเป็น 7 อำเภอ คือ อำเภอเมืองปราจีนบุรี อำเภอบ้านสร้าง อำเภอประจันตคาม อำเภอศรีมโหสถ อำเภอศรีมหาโพธิ อำเภอกบินทร์บุรี และอำเภอนาดี
